Con el objetivo de que se encargue de la administración y evaluación del Acuerdo, las Partes Signatarias establecieron la Comisión Administradora del Acuerdo, la cual está integrada por los Coordinadores Nacionales del Grupo Mercado Común de los Estados Partes del MERCOSUR que son signatarios del Acuerdo, o por las personas que éstos designen, y por los representantes del Ministerio de Comercio, Industria y Turismo de Colombia.

La Comisión adoptará sus decisiones por consenso de las Partes Signatarias. Esto quiere decir que dichas decisiones se adoptan si ninguna de las Partes Signatarias manifiesta su oposición formal y justificada a la misma.

Las enmiendas o adiciones al Acuerdo deberán ser sometidas a la aprobación de la Comisión Administradora y formalizadas mediante Protocolo. Además, la Comisión podrá aprobar que los mencionados Protocolos sean firmados por dos o más Partes Signatarias involucradas.

La primera reunión de la Comisión Administradora se convocará una vez las cinco Partes Signatarias hayan incorporado el Acuerdo en sus ordenamientos jurídicos internos.